源文件知网查重区别主要在于使用范围和原理。源文件是指最初的文件，知网查重是指利用知网等专业查重工具进行文本查重。源文件查重可以保留原文格式，适合对格式要求较高的文本；知网查重则更注重文本相似度的检测，适合学术、论文等领域。选择合适的查重工具需根据具体需求，如对格式要求、文本相似度等进行综合考量。

在实际使用中，要根据具体需求选择源文件查重或知网查重。如果需要保留原文格式或对格式要求较高，可以选择源文件查重；如果更注重文本相似度的检测，适合选择知网查重工具。在选择查重工具时，还需考虑工具的准确性、速度、价格等因素，综合评估后选择最适合的工具，以提高查重效率和准确性。